清华大学国学研究院正式成立于2009年11月1日，直属清华大学，为跨学科研究机构，院训为“宽正、沉潜、广大、高明”。现任院长为著名学者陈来教授，并有刘东、李伯重、刘迎胜、姚大力等知名教授坐镇。国学研究院特聘及专职研究人员以高、精、尖为原则，设立访问学者制度，支持学者的研究，国内外学者亦可自带经费申请到研究院访问。根据情况设立课题组和研究项目，经学术委员会批准立项，实行课题负责人制度。建立博士后流动工作站，吸引清华该校各人文学科及其它名校博士毕业人员参加研究院的科研工作，以此为依托开展了院史工程，创办了三套丛书，即反映了本院最新成果的《清华国学丛书》，收纳了海外名师讲学内容的《讲学社丛书》，和集中了院史工程成果的《清华国学书系》。

国学研究院设立“梁启超讲座”、“王国维讲座”、“陈寅恪讲座”， 以纪念这三位奠立了清华文科基石的大师。每一系列讲演的内容，包括讲座期间与国内学界的对话与辩难，经由整理、翻译和修改，都将扩充为《清华国学讲座》丛书之一种。 国学院将编辑《清华国学文存》，计划以每人一册的形式，广泛精选绝大多数院友的著作，以为永久性的表彰与追思，也藉此突显20世纪20年代的清华国学院在短短四年内，对我国现代文科所做的贡献。将编辑《清华国学研究》丛书，丛书内容将包括：整理有关国学的讨论，老清华国学研究的历史，清华人文大师的传记，尤其是国学院专任、兼任、客座教授、访问学者、博士后学人，以及其它学院支持的研究计划的研究成果，以展现学院的国学研究成果。

国学院主办出版院刊《中国学术》，宗旨是：提升我国人文社会科学的研究水准，推展中文世界的学术成就，增强文化中国的凝聚力，促进中外学术的深度交流，使中文成为国际学术的工作语言。《中国学术》已经是中国文化研究领域具有国际声誉的一流权威刊物。同时创办《清华元史》集刊。拟以专治蒙元史、并旁及边疆史地研究其它有关方面的本所专任教授、兼任教授为主编，编发该年刊。本刊力争在发扬旧有传统，促使它更好地与当代人类学等社会科学学科相互贯通方面，做出前沿性的贡献。此外，还推出了梁启超的《德育鉴》、冯友兰的《新世训》作为本院制定的德育教材，还推出了《清华大学国学研究院四大导师年谱长编》。