孔子研究院是唯一经国务院（国办函〔1996〕66号）批准设立的儒学研究专门机构，副厅级建制；由两院院士、清华大学教授吴良镛先生主持设计，占地150亩，建筑面积46000平方米；内设学术研究部、信息联络部、学术交流部、收藏展览部、安全保卫部、党政办公室“五部一室”；集学术研究、文化交流、文献收藏、人才培养、博物展览五大功能于一体，以建设世界儒学研究交流中心为发展目标。

孔子研究院的建设发展，历来得到党和国家领导人的关心和重视。2013年11月26日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平同志视察孔子研究院，主持召开专家学者座谈会并发表重要讲话。栗战书、王沪宁、赵乐际、朱镕基、谷牧、许嘉璐、叶选平等20多位党和国家领导人亲临孔子研究院视察指导。

孔子研究院具有五项功能：一是学术研究与交流，汇编、出版儒学研究专著和普及性书籍，接收国内外学者长期、短期或临时性学术研究，举办各种国际性、双边性的专题学术讨论会；二是博物展览，与“三孔”等地面建筑及库存文物统一规划和利用，举办孔子生平展和孔府文物精品展，使其成为一座充分显示东方文化特色的“孔子文化博物馆”；三是文献收藏，搜集、整理、汇编和存储古今中外浩如烟海的孔子及儒学文献资料，建成现代化的综合性孔子文献资料中心；四是孔子及儒学研究信息交流，用现代化的设备和技术收储孔子及儒学研究动态，向国内外专家、学者提供研究信息；五是人才培训，聘请国内外知名人士任导师、研究员，开设多层次、多类型、多规格的培训班，接待国内外的访问学者等，为国内外学者提供良好的学习研究条件。

建院20多年来，孔子研究院先后承担“中国曲阜儒家石刻文献集成”“世界孔子庙研究”“世界书院研究”“文庙释奠仪程研究”国家社会科学基金项目和省部级重点课题数十项；编纂出版《中华传统八德诠解丛书》《孔子家语通解》《论语诠解》《世界孔子庙研究》各类学术专著、丛书60余部；设立了“孔子学院总部体验基地”；推进了儒学人才高地建设，成功引进了儒学大家、泰山学者、尼山学者等高端儒学研究人才；连续成功组织承办了八届世界儒学大会和七届“孔子文化奖”评选活动；创办了《孔子学刊》《孔子文化季刊》等学术刊物和公益性文化交流平台——“春秋讲坛”；与国际儒学联合会、中国孔子基金会、台湾中华大成至圣先师孔子协会、韩国安东大学孔子学院等近百个国（境）内外文化机构、高校建立了长期友好合作关系，共同推动儒学研究、中华文化传播以及海外孔子学院教育等事业的发展。